R - Ambiente di lavoro

Ambiente di lavoro

Directory di lavoro

Nella directory di lavoro sono scritti i seguenti file utilizzati da RStudio:

".RData" --> oggetti dell'ambiente di lavoro (finestra "Environment").
".Rhistory" --> contiene tutti i comandi dati a RStudio (finestra "History").

# Leggere la directory di lavoro.

getwd()

[1] "C:/Users/carlo/Documents/Projects R/Examples/Parte 1"

# Scrivere la directory di lavoro.

setwd("C:\\Users\\carlo\\Documents\\Projects R")

Help in linea

L'ambiente RStudio ha integrato un help in linea.
Per avere l'aiuto su una qualsiasi funzione, dare il comando help() indicando la funzione.

help("grep")

L'aiuto appare nella finestra "Help" di RStudio.
Per ottenere gli argomenti di una funzione, dare il comando args() indicando la funzione.

args("grep")

Pacchetti (Packages)

R possiede già una serie di librerie e funzioni. È possibile installare ulteriori pacchetti (packages) per eseguire compiti specifici. Al momento ne esistono alcune migliaia.
I pacchetti possono essere installati e rimossi.
Ecco alcuni esempi utilizzando il pacchetto "swirl".

# Installa il pacchetto "swirl".

install.packages("swirl")

# Installa più pacchetti con la funzione c().

install.packages(c("pacchetto1","pacchetto2", "pacchetto3"))

# Installa il pacchetto "swirl" con tutte le dipendenze.

install.packages("swirl", dependencies = TRUE)

# Rimuove il pacchetto "swirl".

remove.packages("swirl")

Una volta che si è installato un pacchetto, per poter essere utilizzato va caricato nella memoria della sessione di lavoro con l'apposita funzione library() o require().

# Carica nella memoria della sessione di lavoro, il pacchetto "swirl".

# Le funzioni library() e require() sono equivalenti.

library(nome.pacchetto)

require(nome.pachetto)

# Per scaricare un pacchetto dalla memoria della sessione di lavoro.

detach("swirl")

Naturalmente i pacchetti vengono aggiornati dai programmatori. Per verificare la presenza di aggiornamenti ed eventualmente aggiornarli, utilizzare il comando successivo.

# Aggiorna i pacchetti (senza domandare se applicare l'aggiornamento)

update.packages(ask = TRUE)

Per ottenere l'elenco dei pacchetti installati o quello dei pacchetti disponibili, utilizzare i comandi successivi.

# Elenco dei pacchetti installati.

View(installed.packages())

# Elenco pacchetti disponibili.

View(available.packages())

Per ottenere invece l'elenco dei pacchetti caricati nella sessione di lavoro, utilizzare il comando search().

# Elenco dei pacchetti caricati.

search()

[1] ".GlobalEnv" "tools:rstudio" "package:stats" "package:graphics"

[5] "package:grDevices" "package:utils" "package:datasets" "package:methods"

[9] "Autoloads" "package:base"

La maggior parte dei pacchetti si trova sul sito CRAN: https://cran.r-project.org.
Tutto quanto descritto riguardo l'installazione e il caricamento dei pacchetti, può essere ottenuto direttamente in RStudio, nella finestra "Packages".

Pacchetti con la stessa funzione

Nel caso che due o più pacchetti abbiano una funzione con lo stesso nome, per identificare a quale funzione ci si riferisce, utilizzare la sintassi seguente con il nome del pacchetto, l'operatore '::' e il nome della funzione.

package::function()

Problema nell'installazione di pacchetti

Installando un pacchetto (nel mio caso "xlsx"), RStudio ha dato il seguente messaggio:

WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:

https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/

Installing package into ‘C:/Users/carlo/Documents/R/win-library/3.6’

(as ‘lib’ is unspecified)

Come si vede, nel messaggio è indicata anche la directory dove installare Rtools.
L'installazione del pacchetto quindi non è andata a buon fine, anche caricando il pacchetto con library(), RStudio dà l'errore:

Error: package or namespace load failed for ‘xlsx’:

.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:

call: fun(libname, pkgname)

error: JAVA_HOME cannot be determined from the Registry

Ho risolto così.
Primo, installando Rtools dal sito https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/.
L'installazione va fatta nella cartella indicata nel messaggio sopra riportato.
Inoltre:

ho selezionato il tipo di installazione raccomandata;
ho impostato "Add rtoolsto system PATH".

Dopo questa installazione il Warning non si è presentato, ma restava l'errore nel caricamento del pacchetto in memoria.
Questo errore è stato risolto installando il runtime di Java (nel mio caso la versione a 64 bit).